Dari hasil pernikahannya ia memiliki tiga orang anak.yaitu Angeline Christin Wattimena, Gabriello Wattimena dan Jonathan Angelo Wattimena.
Bodewin Wattimena menyelesaikan pendidikan dasarnya di SD Naskat Ama Ory Passo lulus 1987, SMP Hang Tuah Halong 1990 dan SMA Negeri Lateri 1993.
Kemudian masuk Sekolah Tinggi Pemerintahan Dalam Negeri (STPDN) lulus tahun 1997 dan pendidikan S1 di Institut Ilmu Pemerintahan (IIP) tahun 2002. Selanjutnya kuliah pasca sarjana (S2) di Universitas Nusa Bangsa Jakarta lulus tahun 2006.
Bodewin memulai karier sebagai PNS di Kantor Gubernur Maluku setelah lulus STPDN. Ia ditugaskan menjadi Ajudan Wakil Gubernur saat itu, Brigjen Pol Pur Paula Renyaan pada tahun 2000 – 2001.
Dari ajudan Wagub, ia dimutasi dalam jabatan birokrasinya sebagai Kepala Seksi Pembangunan Masyarakat Desa di Kantor Camat TNS kabupaten Maluku Tengah selama empat tahun.
Tahun 2003 ia pindah dan menempati posisi Kepala Sub Bagian Dokumentasi Sekretariat DPRD Maluku juga selama empat tahun. Kemudian bergeser sebagai Kepala Sub Bagian Pengawasan.
Perjalanan karier Bodewin Wattimena nyaris semuanya dijalani di Sekretariat DPRD Maluku. Lantaran selain jabatan di atas, ia selanjutnya menjabat Kepala Sub Bagian Anggaran dan Pembayaran serta Kepala Bagian Anggaran.
